Sinh ra tại Hondarribia, Gipuzkoa, xứ Basque. Cha và ông nội của ông, có tên lần lượt là Juan và Antonio tương ứng, cũng là những cầu thủ bóng đá, cả hai đều là thủ môn. Ông của anh chơi cho một số câu lạc bộ ở giải hạng 2, trong khi sau này cạnh tranh với Real Unión trong giải đấu hàng đầu.[2][3][4] Chú của Emery, Román, từng là một trung vệ.[5][6]

Emery là một trung vệ cánh trái của đội trẻ của Real Sociedad, nhưng không bao giờ thực sự chơi ở đội bóng đầu tiên (24 tuổi anh đã chơi trong năm trận La Liga, bàn thắng trong trận Albacete Balompie trong một chiến thắng 8-1 nhà[7]). Sau đó, ông trở lại sự nghiệp của mình chủ yếu ở Segunda División.

Anh đã giải nghệ ở Lorca Deportiva CF Lúc 32 tuổi, sau một mùa giải ở Segunda División B